Первичная профсоюзная организация работников и обучающихся Национального исследовательского ядерного университета «МИФИ» Российского профсоюза работников атомной энергетики и промышленности (ППО НИЯУ МИФИ) была создана 13 сентября 2010 года.

В структуру ППО НИЯУ МИФИ входят 14 цеховых профсоюзных комитетов, в том числе 10 комитетов филиалов НИЯУ МИФИ:

• Обнинский институт атомной энергетики (ИАТЭ НИЯУ МИФИ);
• Озерский технологический институт (ОТИ НИЯУ МИФИ);
• Трехгорный технологический институт (ТТИ НИЯУ МИФИ);
• Северский технологический институт (СТИ НИЯУ МИФИ);
• Новоуральский технологический институт (НТИ НИЯУ МИФИ);
• Саровский физико-технический институт (СарФТИ НИЯУ МИФИ);
• Снежинский физико-технический институт (СФТИ НИЯУ МИФИ);
• Волгодонский инженерно-технический институт (ВИТИ НИЯУ МИФИ);
• Балаковский инженерно-технологический институт (БИТИ НИЯУ МИФИ);
• Димитровградский инженерно-технологический институт (ДИТИ НИЯУ МИФИ).

В профсоюзной организации по состоянию на 1 января 2020 года числится 1 583 члена профсоюза, что составляет. 31.9% от общей численности работающих. Кроме того, на профсоюзном учёте в профсоюзной организации состоит 73 неработающих пенсионеров и 3 067 обучающихся. Общая численность членов ППО НИЯУ МИФИ составляет 4 723 человека.