Филиал Московского инженерно-физического института (МИФИ) был организован в Снежинске в 1958 году.

Первоначально учебное заведение было создано как филиал вечернего отделения №4 МИФИ для подготовки высококвалифицированных инженерных кадров для базового предприятия Российского Федерального ядерного центра ВНИИ технической физики им. академ. Е.И.Забабахина. Первым исполняющим обязанности директора филиала (располагающегося в здании школы №124) был назначен начальник одного из отделов предприятия В.Р.Хисамутдинов, комиссию для приема студентов возглавил директор предприятия Д.Е.Васильев. Тогда же был произведен и первый набор студентов на первый курс — 75 человек по специальностям: «Приборы точной механики», «Автоматика и телемеханика», «Технология машиностроения». На второй курс было зачислено 27 человек, на третий курс — 13 и на четвертый курс — 7.

В 1959 году начали создаваться первые лаборатории: электронных схем, электротехники, электрических машин, электронных приборов, радиотехники и автоматики, деталей машин и приборов и т.д., создается ученый совет по приему и защите диссертаций, состоялась первая защита диссертации на соискание степени кандидата наук.

В 1960 году с целью подготовки высококвалифицированных рабочих кадров в Снежинске открывается филиал Южно-Уральского политехникума (ЮУПТ). Первым директором филиала был назначен И.Я.Гаврилов.

Первый выпуск дипломированных специалистов происходит летом 1961 года: их было всего 7 человек, все — сотрудники основного предприятия.

В 1960-62 годах создаются кафедры высшей математики, экономики и управления, общей физики, радиоэлектроники, электротехники, технологии машиностроения. С первых дней основания вуза ученые и специалисты ядерного центра принимают в его судьбе самое непосредственное участие. Так, подборе первоначального состава кафедры высшей математики активное участие принимает создатель научной математической школы на Урале и в Сибири, академик Н.Н.Яненко, на кафедре преподает один из основателей нашего города и предприятия, один из создателей и руководитель математического отделения ядерного центра, замечательный педагог А.А.Бунатян.

В работе кафедры общей физики принимают участие: создатель физико-экспериментальной базы градообразующего предприятия, профессор Ю.А.Зысин, один из разработчиков ядерного и термоядерного оружия в СССР, академик Л.П.Феоктистов, на кафедре преподает специалист в области ядерного зарядостроения, профессор, директор РФЯЦ-ВНИИТФ В.З.Нечай. Государственную аттестационную комиссию возглавляет генерал-лейтенант-инженер, участник создания ядерно-оружейного комплекса СССР, директор ядерного центра Г.П.Ломинский. Старшие товарищи и учителя, руководители и просто настоящие друзья, щедро дарили воспитанникам часть самих себя, заражали своим огромным жизнелюбием, светлым и радостным отношением к жизни, делились своей большой жизненной мудростью и колоссальными знаниями. Они и многие другие, остались в памяти сотрудников и выпускников института как крупные ученые и Патриоты свое страны, отдавшие жизнь служению Великому атому.

29 сентября 1962 года вводится в строй главное здание института. В этом же году происходит объединение двух учебных заведений, института и техникума, в единое учебное заведение. Директором института становится И.П.Тютерев, его заместителем по техникуму — И.Я.Гаврилов.

В 1964 году происходит первый выпуск дипломированных специалистов вечернего отделения, проучившихся в его стенах все 6 лет (76 человек).

В 1967 году вводится в эксплуатацию лабораторный корпус: в строительстве принимают активное участие бойцы студенческого стройотряда.

Летом 1967 года филиал был реорганизован в самостоятельное вечернее отделение №6 МИФИ, годом позже в вузе началось обучение и по дневной форме. Создаются кафедры общетехнических дисциплин, динамики и прочности машин.

В 1991 году принимается решение об организации специализированных кафедр, где занятия со студентами, особенно со старшекурсниками, проводят ведущие специалисты ядерного центра.

В 1996 году создана кафедра прикладной физики и математики. В создании спецкафедры значительное участие принимали: академик РАН Е.Н.Аврорин, член-корреспондент РАН Г.Н.Рыкованов, доктор физико-математических наук, профессор В.Ф.Куропатенко.

11 марта 1997 года совместным приказом Министерства по атомной энергии Российской Федерации и Министерства общего и профессионального образования Российской Федерации № 76/348 отделение № 6 Московского государственного инженерно-физического института (технического университета) переименовано в Снежинский физико-технический институт Московского государственного инженерно-физического института (технического университета) (СФТИ МИФИ). В этом же году заместитель главного конструктора КБ-2,
профессор Е.Н.Петров создает и возглавляет кафедру «Спецприборостроения», происходит первый выпуск инженеров-механиков кафедры динамики и прочности машин.

3 августа 2001 года распоряжением Правительства Российской Федерации № 1044-р Снежинский государственный физико-технический институт (СГФТИ) выделяется из состава Московского государственного инженерно-физического института (технического университета). В 2002 году решением Аккредитационной коллегии Минобразования России № 4-2002 от 14.06.2002, приказом Минобразования России № 2561 от 04.07.2002 СГФТИ придан статус «академия» с наименованием Снежинская государственная физико-техническая академия.

В декабре 2009 года высшее учебное заведение по праву приобрело статус филиала федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Национальный исследовательский ядерный университет «МИФИ».

В 2011 учебном году вуз перешел на уровневую подготовку специалистов по Федеральным государственным стандартам третьего поколения (ФГОС): бакалавриат, магистратура, специалитет. Обучение возможно по очной, очно-заочной (вечерней) и заочной формам обучения.

С самого основания института градообразующее предприятие Снежинска — ФГУП «РФЯЦ-ВНИИФ Е.И. Забабахина» является предприятием-партнером по подготовке и трудоустройству специалистов. Ведущие специалисты ядерного центра привлекаются к преподаванию специализированных дисциплин в вузе, возглавляют работу Государственной аттестационной комиссии. Ежегодно перечень специальностей и план набора СФТИ НИЯУ МИФИ согласовывается с руководством базового предприятия РФЯЦ-ВНИИТФ, исходя из его потребностей в специалистах того или иного профиля по трем основным направлениям. Это: технология машиностроения, обработка металлов, конструирование; автоматика, электроника, информационно-измерительная и вычислительная техника; управление качеством.

За время своего существования СФТИ НИЯУ МИФИ выпустил более трех тысяч специалистов, которые успешно работают в ядерном центре, а также практически во всех организациях города. Студенты СФТИ НИЯУ МИФИ становятся лауреатами премий имени известных ученых, учрежденных РФЯЦ-ВНИИТФ, стипендиатами Госкорпорации «Росатом», стипендии губернатора, Законодательного собрания Челябинской области, успешно выступают на научно-практических конференциях разного уровня, активно участвуют в общественной жизни города.

В настоящее время СФТИ НИЯУ МИФИ готовит специалистов для предприятий и учреждений Государственной корпорации по атомной энергии «Росатом», обеспечивая современные условия для образования и стажировки.

Ровесник города Снежинска, институт сохраняет свои позиции и сегодня, как по масштабам, так и по качеству образования.